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　　夏天的深夜，甄一刚教授焦急地在准备报告，明天他将给三千个孩子讲讲发明海底潜泳机的故事。秘书送来一份加急电报，请他明天去海军司令部，有要事商量。

　　第二天，甄教授乘专机到达海军司令部。海军司令部的卫从武上校，请求甄教授协助，用海底潜泳机寻找沉没在太平洋里的“黑龙号”。

　　甄教授把18000多万平方公里的太平洋分为一千个地区，让潜泳机按照地区编号顺序探索。

　　这天，他们来到124号地区，在太平洋底一万米深处潜行。二米见方的荧光屏上显现着海底的一切，奇异壮观。突然，荧光屏中心出现了一个小黑点，越来越大，占了荧光屏的四分之一。上校看到这么大的黑圆球，立刻证住了。就在这时，荧光屏上的海底世界消失了，变成一片乳白色。潜泳机遇上水雷，遭到了破坏。

　　上校苦苦思索着新近获得的一些情报。几年来经常收听到太平洋地区的密码电波，正是从124号地区发射出来的。两天前，两只渔轮在130号地区捕鱼，捞到了一具不明国籍的赤身露体的死尸。解剖结果，确定是一个肺鼠疫患者，在八、九天以前死的。这一连串的事情，是偶然的巧合呢，还是互相联系着呢？

　　甄教授赶回基地，一个半月后，第二号潜泳机制成了。

　　晚上，第二号潜泳机进入124号地区。荧光屏上又出现了水雷的黑点。潜泳机避开水雷，又发现了一个黑点，这个黑点的后面出现了一艘庞大的沉船“黑龙号”！身差不多有四分之一陷进泥里。

　　荧光屏上出现的景象使他们住了：七艘有透明圆屋顶的潜水艇，排成一列伏在海底。每两艘潜艇之间有一个象铜管一样的通道。圆屋顶下，可以看出有人在工作。第七艘潜艇旁边，还有一艘没有圆屋顶的、小得多的潜艇，静静地躺在海底。这些潜艇周围，可以看到许多黑色小球，这是保护潜艇的水雷网。

　　潜泳机悄悄地靠近观察，原来这是培植细菌的太平洋第一公司。神秘的密码正是从这里发出的。“黑龙号”失踪之谜终于揭开了。